Flora:

Ésta se puede dividir en terrestre, compuesta por diversas especies de pastos, arbustos y unas cuantas especies arbóreas como la casuarina y las palmas; y la vegetación acuática, compuesta por pastos marinos como Thalassia testudina y una enorme variedad de especies de algas. La flora del sistema presenta 28 especies; la mayor severidad ambiental que afecta al Golfo de México limita la presencia de algunas especies por lo que la diversidad vegetal es relativamente pobre. En la Isla Verde se conocen 26 especies de plantas (Lot-Helgueras, 1971) incluyendo las especies estabilizadoras de la arena Pandanus sp. y Randia laetevirens, así como Tournefortia gnaphalodes y Agave angustifolia; en el borde más extremo se encuentra Euphorbia buxifolia y Sesuvium portulacastrum. En la superficie del islote La Blanquilla se han identificado Tournefortia gnaphalodes, Sesuvium portulacastrum, Ipomoea stolonifera e I. litoralis. La parte superior del arrecife Isla de En Medio tiene una laguna de aguas someras en la que se presentan Thalassia testudinum, Syringodium filiforme y Halodule wrightii; la vegetación de la isla incluye Sesuvium portulacastrum y algunas plantas introducidas.